Die Geschäftsstelle ist für die Umsetzung der Beschlüsse der Generalversammlung, des Präsidiums und der Vorstände von IRMA und IQCS im Tagesgeschäft zuständig und verantwortlich.

Hauptabteilungen sind die IRMA- und IQCS-Kontrollbereiche sowie der neu geschaffene Bereich Forschung, Entwicklung neuer Kontrollansätze und Sonderkontrollen.

Daneben werden die Projekte „FRAPP“ und „QUISEE“ sowie das EQCS-Sekretariat von Mitarbeitern der Geschäftsstelle gemanagt. Alle Arbeitsbereiche werden von Verwaltung und Geschäftsführung unterstützt.